มะละกอผลไม้ที่ยังไม่บรรลุนิติภาวะประกอบด้วยปาเปน, chymopapain A, chymopapain B, papain peptidase B และ hydrolases โปรตีนอื่น ๆ โครงสร้างหลักของโปรตีเอสซีสเตอีนสี่ชนิดเป็นที่รู้จักกันว่ามี homology สูง ในหมู่พวกเขาปาเปนเป็นของ sulfhydryl protease ซึ่งสามารถไฮโดรไลซ์ปลายคาร์บอกซิลของอาร์จินีนและไลซีนในโปรตีนและเปปไทด์และสามารถไฮโดรไลซ์พันธะเปปไทด์ของกรดอะมิโนกับกลุ่มคาร์บอกซิลสองกลุ่ม กรดอะมิโน. ขึ้น